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Also, wenn ich deine Frage richtig verstanden habe, geht es doch um die Vertiefungsrichtung für dein Abi und nicht um ein anschließendes Studium, oder?
Prinzipiell ist es egal, mit welchen Fächern du dein Abi machst (auch Mode und Kunst geht), Hauptsache, du hast danach deine allgemeine oder fachgebundene Hochschulreife. Eine Fachhochschulreife reicht nicht aus! (siehe hier: http://www.lufthansa-pilot.de/ -> Voraussetzungen).
Aber es kann natürlich nicht schaden, wenn du schon im Abi Fächer wie Physik, Mathe und Englisch nochmal vertiefst. Das hilft dir auf jeden Fall für die Eignungstests.