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Du öffnest die Konsole in Windows als Administrator. Dann gibst du "diskpart" ein. Das ist ein Tool von Windows zum Partitionieren und löschen.
Unter diesem Link ist eine genau Anleitung zum Löschen. Wenn es damit nicht gehen sollte liegt ein andres Problem vor.
http://praxistipps.chip.de/partitionen-auf-usb-sticks-anlegen-und-loeschen-geht-das_13226