Das wurde im 2. Captain America Film (Return of the first Avenger") aufgeklärt. In der Szene als Captain America zusammen mit Black Widow auf einem verlassenen Militärstützpunkt waren und dort mit Arnim Zolas "Gehirn" (sein gesamtes Wissen usw. wurden auf Disketten gespeichert) gesprochen haben. Es wurde ihnen Videosequenzen gezeigt inwieweit Hydra in den letzten Jahrzehnten auf das Weltgeschehen Einfluss genommen hat. Unter anderem auch ein Zeitungsartikel über den "Unfalltod" von Howard Stark eingeblendet. Hiermit wurde indirekt gesagt, dass der Winter Soldier für den Tod verantwortlich war.
Hier der passende YouTube Clip: https://www.youtube.com/watch?v=KwjXPA8mZYk