"Vanilla" ist ja ein genereller Begriff, der verwendet wird, um auszudrücken, dass ein Spiel nicht modifiziert ist. Das heißt er ist nicht bezeichnend spezifisch für ein Spiel oder gar eine Minecraft Version.
Dennoch ist die Wahrscheinlichkeit hoch, dass jemand mit "Minecraft Vanilla" die Java Edition meint, da diese eine deutlich längere und umfangreichere Mod-Historie hat und eine aktivere Community in diesem Feld. Darüber hinaus wird gerade die Minecraft Java Edition gerne einfach nur als Minecraft bezeichnet.
Dennoch gibt es auch auf der Bedrock Edition Möglichkeiten zum Modding von Seiten der Community(Nicht ganz so ausgereift wie auf der Java Edition) und seit einiger Zeit ja auch von Seite Mojang (Minecraft Marketplace). Weshalb grundsätzlich auch da von "Minecraft Vanilla" gesprochen werden kann, wenn keine Mods installiert sind.