Auch auf zellulärer, nicht nur morphologischer, oder ökologischer Ebene gibt es Unterschiede zwischen den einzelnen Arten, die verhindern, dass es zur Befruchtung kommt (ich denke, die Frage zielte auf die physiologischen Gegebenheiten ab). Wenn die biochemischen Bedingungen (Glykokalyx der Zellen, etc.) nicht kompatibel sind, kann auch keine Befruchtung erfolgen (siehe Akrosom-Reaktion bei Spermien). Nicht zuletzt müsste wohl auch die resultierende Anzahl an Chromosomen in der Zygote gerade teilbar sein, damit fruchtbare Nachkommen entstehen können (siehe Chimären). Ich könnte mir auch denken, dass es auch auf genetischer Ebene verschiedene Mechanismen gibt (z.B. Eliminierung/Ausschluss fremden Erbguts, Silencing), welche die Ausbildung von Hybriden, bzw. Chimären effektiv verhindern. Die einzige, mir bekannte hybride Art, die wiederum fortpflanzungsfähige Nachkommen hervorbringt, ist der Wasserfrosch.