Vermieter behauptet es wurde keine Miete bezahlt

Gibt Dein Vater bei den Überweisungen den Verwendungszweck an?

Vielleicht liegt da ja das Problem.

Der Vermieter bekommt Geld von irgend jemand, der nicht sein Mieter ist,  und weiß nicht wofür.

Das ist schon merkwürdig - dein Vater zahlt die Miete für dich und der Vermieter behauptet, er würde sie nicht bekommen. Warum sollte er das tun?

Nimm doch mal die Kontoauszüge deines Vaters und vergleiche die mit dem Konto, dass der Vermieter auf dem Mietvertrag. Ist das die Gleiche, dann würde ich als erstes den Vater bitte, mal zu einem Gespräch mit dem Vermieter dazu zu kommen. Da ist es besser, wenn er mit dabei ist, als wenn du das alleine machst. Wenn das alles nicht hilft, dann geh zum Mieterbund, die können dir helfen, ein Anschreiben aufzusetzen an den Vermieter. Gibt es einen Tippfehler, muss dein Vater sich das Geld wiederholen, aber erstmal die Miete an das richtige Konto zahlen.

Sollte dein Vermieter dir kündigen, obwohl ihr nachweislich bezahlt habt, wäre die Kündigung unwirksam.

Die Sache klingt schon einigermaßen sonderbar. Daher mal alles der Reihe nach.

Die Zahlung gilt als geleistet, wenn das Geld auf dem Konto des Vermieters gutgeschrieben wird. 

Üblicherweise arbeiten die Banken sehr zuverlässig. Daher würde ich die Bank als Fehlerquelle ausschliessen. 

Nun stellt sich natürlich die Frage, ob die Zahlungen wirklich geleistet wurden oder nicht. Entweder dein Vater oder der Vermieter sagt nicht die Wahrheit. Daher wäre an dieser Stelle erst mal mit dem Vermieter zu klären, ob die Zahlungen tatsächlich geflossen sind oder nicht. 

Hier würde ich sogar vorschlagen, auf den Vermieter zuzugehen und ihn direkt zu fragen, welche Zahlungen seiner Meinung nach nicht geleistet worden seien. Diese können dann anhand der Kontoauszüge einzeln abgeglichen werden. 

Ob der "Fehler" nun bei deinem Vater oder beim Vermieter liegt, können wir aus der Ferne nicht beurteilen. Falls tatsächlich keine Zahlungen geleistet wurden und du im Rückstand bist, könnte das ernsthafte Folgen nach sich ziehen. Falls du nicht im Rückstand bist, könnte die Sache mit einem klärenden Gespräch ein für alle Male erledigt werden. 

Das kann man doch alles klären da jeder Mieter eine Verwendungszwecknummer hat. Dann bittest du den Vermieter um Aufklärung, ob er dir zeigen kann das keine Miete gezahlt wurde. Ich glaube nicht das ein Vermieter einen Mieter so bedrängt Miete zu zahlen, wenn er es doch tatsächlich tut? Da würde ich echt nachhaken wie man darauf kommt, das man keine Miete zahlt? Der Vermieter lebt davon das die Miete eingeht. Ich ahne etwas was keine Unterstellung sein soll, aber möglich wäre. Was wenn dein Vater, die Miete für deine Wohnung wieder zurückbuchen lässt, oder aber die Miete tatsächlich auf ein nicht exestierendes Konto überwiesen wird, so das es automatisch wieder zurück kommt, auf das Konto, wo die Miete drauf überwiesen wurde? Da hilft nur eins, Informationenaustausch damit die Sache geklärt wird. Wenn man es so nicht klären kann, sollte man einen Anwalt hinzuziehen.   

Wenn du die Konto Auszüge hast, dann solltet ihr einfach zusammen zu seiner Bank gehen und dort mit den Angestellten reden. Du hast nichts falsch gemacht und er hat keine Geld. Irgendwo ist also ein Fehler und die Bank sind die Leute die den Fehler am ehesten finden werden.