Du hast das schon alles richtig verstanden, dir fehlt lediglich die Information das Proteine/Enzyme in der Regel (kommt natürlich immer auf das Protein/Enzym an) verschiedene "Unterarten" (Isoformen) besitzen.
In diesem Falle haben alle Porine gemeinsam das sie einen Tunnel in der Zellmembran bilden (haben also alle eine ringfömig angeordnetes beta-Faltblatt-Strukturmotiv). Dieser Bauplan ist dann bei den Isoformen an bestimmten Stellen modifiziert (andere Aminosäureseitenketten, angebaute Zuckermoleküle,...), so das jede Isoform eine etwas andere Funktion erhält.
Im Falle der Porine stellen diese also nicht einfache "Löcher" in der Membran dar, sondern sind im Kanalinneren mit Aminosäuren ausgestattet, die den Kanal nur für bestimmte Moleküle (je nach größe oder Ladung z.B.) durchlässig machen.
Die äußere Membran der Mitochondrien ist also nur mit für Protonen undurchlässigen Porinen besetzt.
Gruß,
Mufff
PS:
Der Protonengradient liegt zwischen dem Intrazellulärraum und dem Intermambranraum sowie zw. dem Intermambranraum und dem Mito-Matrixraum. Der Protonenüberschuss wird zwar im Intermembranraum generiert, aber der Gradient liegt jeweils zwischen den zwei Seiten einer Biomembran.