Wenn das Auto losfährt, wirst du wegen der Trägheit nach hinten gedrückt. Dasselbe geschieht natürlich auch mit der Fliege: Jeder Gegenstand will seine momentane Bewegung bzw. seinen momentanen Ort beibehalten. Sogar für die Luftmoleküle im Auto gilt das, es wird also wenn die Lüftung zu ist kurzzeitig ein geringer Unterdruck am Armaturenbrett und ein geringer Überdruck im Kofferraum herrschen.
Autofahrer ersticken allerdings nicht am diesen Druckunterschieden, denn Luft ist sehr leicht und darum auch wenig träge und außerdem ständig selbst in Bewegung. Sie wird ziemlich schnell mit dem Auto beschleunigt und gleicht die minimalen Druckschwankungen wieder aus.
Die Fliege wird anfangs wohl durch ihre Trägheit ein Stück weit nach "hinten" gedrückt (bzw. sich nicht so schnell mit dem Auto bewegen). Da sie aber auch ziemlich leicht ist und für sie Luftbewegungen größeren Einfluss haben als ihr Trägheit, wird sie bald von der mitbewegten Luft aufgefangen und ihren Flug vermutlich fortsetzen können. Abgesehen von ein paar Zentimetern oder so schließe ich mich darum deinem Physiklehrer an.
das hört sich doch sehr plausibel an :) vielen lieben dank