Die Redewendung stammt aus dem Mittelalter. Ein verliebter Ritter trifft seine Angebetete. Doch sie erwidert seine Liebe nicht. Statt unfreundlicher Worte wechseln Kornblumen ihren Besitzer. Jeder Edelmann kennt zu dieser Zeit ihre Bedeutung. Fast jede Blume hatte im Mittelalter eine Bedeutung. Die rote Rose hat ihre Bedeutung bis heute – sie steht für die Liebe. Heute überreicht man jedoch nur selten Blumen. Durch die Blume sprechen steht heute praktisch für jede Art der Beschönigung. aus: www.prosieben.de/lifestyle_magazine/galileo/specials/galilexikon/00788/002/index...

Etwas durch die Blume sagen oder verblümt sagen (seit dem 16. Jhd. belegt) ist eine Redewendung, mit der das vorsichtige, freundliche Üben von Kritik – oft in bildhaften Andeutungen – ausgedrückt werden soll. Vermutlich geht die Redensart auf die Blumensprache zurück, in der bestimmten Blumen bestimmte Aussagen zugeordnet sind, die so verschlüsselt – durch die Blume – gemacht werden können und den Empfänger schonen. Den Gegensatz dazu stellt unverblümt dar: Wer etwas unverblümt sagt, äußert sich geradeheraus und ohne Rücksichtnahme. Eine verbreitete ironische Erwiderung auf durch die Blume oder unverblümt geäußerte Kritik ist „Vielen Dank für die Blumen“, was entweder ausdrückt, die versteckte Kritik verstanden zu haben, oder darauf hinweist, die Kritik sei allzu offen geäußert worden.Aus Wikipedia

Vermutlich daher, dass Blumen auch was symbolisieren können. Bekanntestes Beispiel: Rote Rosen als Zeichen für Liebe.