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Keks" steht hier für Kopf und seinen Inhalt, "Verstand, Geist, Synapsen"; "Waffel" ist eine Parallelbildung zu Keks. Zuerst sagte man: Du hast einen weichen Keks! Wenn man Kekse nicht luftdicht aufbewahrt, werden sie weich, ungenießbar, nutzlos. So auch ein weicher Kopf, ein Schwellkopf, eine Matschbirne. Ein an der Waffel sind weitere Weiterbildungen.
MfG Ralf
Die Frage du hast was an der Waffel heist wenn einer einen schlechten durchplik hat, dann sagt man der hat etwas an der Waffel