Das ist eine immens schwere Frage...mal überlegen...Vielleicht, weil sie wie Zäpfchen (kleine Zapfen) aussehen?

Es kommt von der Form des Zapfens (von althochdeutsch: zapho = spitzer Holzpflock, der ein Loch verschließt und herausgezogen werden kann); da es ein Diminutiv (Verkleinerungsform) ist wird der Vokal zum Diphtong (Umlaut: ä,ö,ü...) und -chen angehängt wie bei Lamm -> Lämm-chen

Weil das Zäpfchen (Uvula) eine konische Form hat (oben breiter, nach unten schmal auslaufend), das an einen kleinen Zapfen erinnert. Die Medikamentenkapsel, die auch als Z. bezeichnet wird, erinnert an das Gaumenzäpchen und hat wahrscheinlich deshalb diesen Namen bekommen.

wenn sie grösser wären, hiessen sie zapfen! warum heisst das hier "gute frage.net"?

Weil viele Zäpfchen wie Zäpfchen ausschauen vielleicht? Gruss Solf