Wie berechne ich einen Stammbaum aus Aminosäure-Unterschieden, ich brauche eine zeitliche Eingrenzung?

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1 Antwort

Hallo!

Wenn du die Aminosäure / Nukleotidsequenzen hast, machst du erst mal ein Sequenzalignment (z.B. mit MEGA -Software). Daraus kannst du die Sostware direkt einen Baum basierend auf gentischen Distanzen (Ähnlichkeitsmatrix) erstellen lassen. Den kannst du dann "wurzeln", also festlegen, wo der Anfang ist und du kannst den ganzen Baum dann mit zusätzlichen Infos zeitlich kalibrieren.

Wenn du das von Hand machen willst ist der Ablauf in etwa so:
- Berechnung von genetischen Distanzen
- Abarbeiten eines Clusterverfahrens (z.B. single / average linkage Verfahren)
- Übertragen der Cluster / Splits in einen Baum

Die einzelnen Verfahren musste aber selber googlen, die kann man nicht mal so kurz hier runterschreiben.

LG

Bottle

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