Im Heustapel laufen Reifungsprozesse ab, wenn zu früh davon gefüttert wird, gibt es Verdauungsstörungen. Bevor die Halme gefüttert werden dürfen, müssen sie nicht nur trocken sein, sondern reif- und das dauert. In dieser Zeit verändert sich die Zusammensetzung der Bakterien und der Pilze im Heu. Gleichzeitig ändert sich die Verdaulichkeit des Heus. Während es lagert, knacken die Mikroorganismen Zellen im Halm. Dadurch können Pferde Heu leichter verdauen, außerdem riecht es besser. Es sind Bakterien und Pilze, die von Anfang an auf dem Gras sitzen. Frisst ein Pferd zu früh von dem Heu, überschwemmt es seinen Magen und Darm mit Millionen fremder Bakterien, Pilze und Hefen.

Das ist genauso schlecht für seine Verdauung, als würde es vergammeltes Futter fressen. Im Magen bildet sich Gas, die Darmflora wird überwuchert, Gase entstehen und führen zu Koliken. Selbst nach erfolgreicher Fermentation enthält Heu tote Mikroorganismen. In Massen sorgen die für Probleme, weil sie als kleine Partikel durch die Luft schweben und beim Fressen eingeatmet werden. Das sind Fremdstoffe, die in die Alveolen, die Lungenbläschen des Pferdes eindringen und sie reizen. Die Folge sind Husten oder Schleimbildung. Optimales Heu wird deshalb geschnitten, ehe das Gras verblüht. Dann besteht es zu rund 60% aus Wasser. In der Sonne verdunstet davon ein Großteil. Nur trockene Luft konserviert Heu. In den Heuballen wachsen die Bakterien und Pilz anfangs schnell. Dadurch produzieren sie Wärme, vermehren sich noch schneller und erwärmen das Heu auf über 40°C.

Für Rundballen gelten andere Bestimmungen als für rechteckige Ballen, weil sie sich nicht so dicht stapeln lassen. Bei ihnen bleibt ein Sicherheitsluftpolster zwischen den Ballen. Deshalb schwitzen Rundballen weniger, trocknen schlechter und müssen folglich trockener geerntet werden. Dafür bliebt das Heu meist zwei, drei Tage länger auf der Wiese liegen. Das erklärt auch, warum Rundballen meist bei der Ernte mehr Bakterien und Pilze enthalten. Fällt der Wassergehalt im Heu während Ernte und Lagerung nicht unter 15% können sich neben Bakterien und Milben vor allem Schimmelpilze entwickeln (Aspergillus, Penicillium, Mucor oder Oidium). Ihr Wachstum führt nicht alleine zu Nährstoffverlusten, sondern unter Umständen auch zur Bildung hochtoxischer Substanzen.