Natürlich sollte man möglichst viel von der Stadt sehen, aber für die Kinder ist zu viel Kultur natürlich eher langweilig. Sie sollen daher auch eine spaßige Erinnerung haben, wenn sie an Berlin zurückdenken. Könnt ihr mir da was empfehlen? Ich kenne mich in Berlin wirklich garnicht aus.
Auf jeden Fall auch Bootsfahrten machen auf der Spree, dem Wannsee, und in Potsdam gibt es das herrliche See-Strandbad "Waldbad Templin", wo man Boote mieten kann. Da gibt es bestimmt noch eine Menge für Kinder, vielleicht mal bei der Touristen Information nachfragen. Das TEchnik Museum ist auch für Kinder interessant. Viel Spaß !
Das 3-D-Kino im IMAX (Sony-Center) am Potsdamer Platz ist bestimmt interessant.
Am S-Bahnhof Gesundbrunnen gibt es Berlin-von-unten-Führungen im Untergrund von Berlin.
Die Sea-Life-Aquarien sollen auch toll sein.
Weitere Tipps findest du hier:

berliner zoo, tierpark, biotop in potsdam, schnupperkurs bei global-golf am potsdamer platz kam bei meinem 6-jähriger super an :-), jux-zirkus in schöneberg, chabuwazi (chaotisch bunter wanderzirkus)...
Geht mal in das Kindermuseum in Prenzl.Berg. Kein Museum, sonsern ehem. Kirche in der ein tolles, großes Kletterlabyrinth eingebaut wurde. Außerdem basteln mit Anleitung und immer eine kindgerechte Bearbeitung eines wissenschaftliches Themas. Google mal...