Bei inflationsgeschützten Bundesanleihen werden die Zinsen und die Auszahlungssumme der Inflation angepasst und man bekommt je nach Inflationsrate eine höhere Summe ausbezahlt. Aber was passiert, wenn eine Deflation kommt? Bekommt man dann weniger ausgezahlt?

ja, bei solch einer Anleihe wird eine Bezugszahl als Basis genommen. Diese Bezugzahl richtet sich dann nach einem Preisindex (meist Europa Gesamt ohne Tabak). Wenn die Preise fallen, so wirkt sich das analog auf die Bezugszahl aus und somit würden die Zinsen sinken.
Die Zinsen werden tatsächlich an die Deflation angepasst und können sinken. Aber die Anlagesumme bleibt zu 100% erhalten.