Jede Festplatte ist unterteilt in so genannte Cluster, diese wiederum enthalten Sektoren. Wie groß ein Cluster ist, ist unter anderem abhängig vom verwendeten Dateisystem und von der Größe der Festplatte (Partition) Wird nun eine Datei auf der Festplatte gespeichert, wird diese in Clustergroße Häppchen zerlegt und auf eine bestimmte Anzahl von Clustern verteilt. Die Cluster die den Inhalt einer Datei enthalten, werden dabei einfach dort auf der Festplatte abgelegt, wo gerade entsprechend Platz ist.

Nun werden auf der Festplatte immer wieder Dateien gelöscht und neue erstellt. Entweder von Dir selbst oder automatisch durch Windows. Dadurch entstehen Lücken und Windows muss die einzelnen Dateihäppchen immer weiter verteilt auf der Festplatte ablegen. Hier spricht man nun von einer zunehmenden Fragmentierung der Festplatte. Im Prinzip ist das kein Problem, denn Windows kann sich zum Glück gut merken wo die einzelnen Teile einer Datei liegen. Allerdings kostet die Suche auf der ganzen Festplatte nach den Dateifragmenten seine Zeit. Wird eine Datei aufgerufen, schaut Windows zunächst im Inhaltsverzeichnis (FAT) der Festplatte nach, wo die Cluster mit den gewünschten Dateiinhalten liegen. Der Schreib/Lesekopf der Festplatte steuert daraufhin alle erforderlichen Cluster an und liest die Datei ein. Dies geht erheblich schneller wenn die gesuchten Cluster alle schön sauber und ordentlich hintereinander liegen, als wenn der arme Schreib/Lesekopf in jede Ecke der Festplatte springen muss um die Daten dort einzusammeln. Daher ist es sinnvoll die Festplatte in regelmäßigen Abständen zu defragmentieren. Hierbei werden alle Daten auf der Festplatte neu angeordnet und in möglichst aufeinander folgende Cluster abgelegt.