Vorher gab es Ordnerbezeichnungen in Klarschrift wie "Mails von Klaus". Was muss ich umstellen? Das umbenennen der Ordner in die alten Namen geht nicht. Thunderbird meldet dann "Ordner schon vorhanden".

Keine Ahnung, was es Dir da verhagelt hat.
Ich würde es so machen:
Zuerst die Einstellungen der Konten notieren.
Dann über Profilmanager ein neues Profil erstellen, die Ordner neu anlegen, dann aus dem alten nach und nach Adressbücher und andere relevanten Daten übernehmen.
Infos hier: "Das Profil-Verzeichnis finden – Thunderbird Mail DE"
http://www.thunderbird-mail.de/wiki/DasProfil-Verzeichnisfinden
und dort weiter mit "Dateien im Profil"
Viel Glück!
Ach ja, ab und zu eine Sicherung des Profilordners schadet nicht ;-)
LG aus Stuttgart