Zu diesem Thema verweise ich auf die zigduzend NGE-Diskussionsforen im Internet, die das Thema schon vor einigen Jahren bis ins kleinste Detail zerkaut und ausdiskutiert haben. die Kurzfassung davon sieht so aus:

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Das normale Serienende soll zeigen, worum es bei NGE eigentlich ging: Darum, wie die Charaktere mit ihren Problemen und Selbstzweifeln fertig werden und es ihnen am Ende, nach der Vernichtung aller Engel, auch gelingt. Genau genommen wurde die gesamte Menschheit "befreit", doch wird dies als Beispiel an Shinji gezeigt.

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Da das normale Serienende von den meisten Leuten nicht verstanden wurde, gab es dann noch einen Film, der sein Augenmerk auf Action setzte. Manche sind der Ansicht, dass sich Anno hiermit an den undankbaren Fans, die das Serienende nicht mochten, durch viel Gewalt, Zerstörung und Tötung der Charaktere rächen wollte. Das ist aber nicht meine Ansicht. Ich denke, dass es einfach nur ein alternatives Ende ist. Letzten Endes wird die gesamte Menschheit vereint und ist, wenn auch auf eine bittere Art und Weise, endlich frei von ihren Ängsten und Sorgen.

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Über die Schlussseqenz kann man nicht so viel sagen, außer, dass hier wirklich JEDER eine andere Ansicht hat, warum Shinji da rumläuft und Asuka würgt. Ich vertrete die Ansicht, dass Shinji und Asuka sich beide gewünscht haben, kein Teil des "Kollektivs" zu bleiben/werden, da kurz zuvor erwähnt wurde, dass jeder Mensch wieder eigenständig werden kann, wenn er es möchte. Offenbar wollte Shinji aber lieber alleine bleiben, würgt daher Asuka und verzweifelt letzten Endes. Wie gesagt, nur meine Meinung.

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Abschließend bleibt noch zu sagen: Wer NGE nur wegen der Evangelion-Kämpfe guckt, der darf sich nicht wundern, wenn er streckenweise gelangweilt wird.

Wie kann man nur von Shinji genervt sein? XD Dass sich die Hauptperson mit ca. 14 nicht immer erwachsen verhält, sollte verständlich sein. Und so richtig egoistisch finde ich ihn eigentlich nicht... Das wäre doch eher Asuka. ;o) Also ich empfinde definitiv keinen Hass, sondern Mitgefühl für ihn.
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Aus Wikipedia über die letzten Serien-Episoden:
Die japanischen Kritiker Eiji Otsuka und Tetsuya Miyazaki beschreiben diese wie eine Gehirnwäsche oder Psychotherapie.
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Es wird halt durchleuchtet, wer was wieso ist. Was definiert Shinji? Dabei musst du auch berücksichtigen, dass die Arbeitsmoral in Japan wesentlich krasser ist als hier und sich dort unheimliche viele Workaholics tummeln, die außer zu arbeiten nicht viel machen. Was definiert nun Shinji oder Asuka oder Rei, wenn diese keine Piloten mehr sind? Sind sie noch etwas wert? (Sehr dramatisch ist Frage für Rei, die ja nur geschaffen wurde, um Pilot zu werden.) Und ganz besonders: Werden sie noch geliebt/gemocht, wenn sie keine Piloten mehr sind?
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NGE beantwortet ein bisschen was davon, lässt aber auch viele Fragen offen, damit der Zuschauer selbst für sich diese Fragen stellt. Dies ist jedoch nur meine Deutung und ich habe bemerkt dass die meisten beim Schauen etwas ganz anderes sehen als man selbst. Aber gerade deswegen ist NGE nunmal so besonders und sticht aus den normalen Animes, deren Zweck einfache Unterhaltung ist, hervor.