Die Tiere haben genauso wie wir Menschen eine innere Uhr. Die läuft auch unabhängig von den Außenbedingungen weiter, allerdings wird die Uhr immer wieder durch die Außenumgebung (z.B. Sonnenscheindauer) "gestellt" (man nennt das "getriggert"), sodass sich die Uhr auch verstellen lässt. Bei Menschen kann man die innere Uhr etwa eine Stunde pro Tag verstellen.
Also: einen Tag lang im dunklen Zimmer bringt nicht viel durcheinander, aber wenn man das andauernd macht, verstellt sich die innere Uhr.

Sie würden ihrem regulärem Rythmus nachgehen... Tiere die gezwungen werden in Unnaturlichen Umgebungen zu unnatürlichen Zeiten aktiv zu sein werden Krank, so halten sie sich zu günstigen Zeiten an günstigen Orten auf...

Man könnte die innere Uhr umprogrammieren, ja.

bei Fledermäusen, die auch nachtaktiv sind, hat man in Zoo's die "Zeit" umgestellt, damit Besucher die Tierchen auch beim Fliegen beobachten können (tagsüber)