Ein Bekannter von mir fährt LKW, in Deutschland als auch manchmal in Österreich. Sein Wohnsitz ist in Deutschland, der Sitz seines (damaligen) Arbeitgebers in Österreich. Nun kam ein Lohnsteuerausgleich (für die Jahre 2006 bis 2008) , bei dem ein bestimmter Betrag erstattet wurde. Sein Lohn wurde also für diese genannten Jahre ordnungsgemäß beim in Österreich zuständigen Finanzamt versteuert. Jedoch hat mein Bekannter die Befürchtung, dass er irgendwann mal an den deutschen Fiskus ein weiteres Mal Steuern abführen muss, weil er ja in diesen 3 Jahren auch regelmässig in Deutschland gefahren ist, was angeblich (seiner Aussage nach) auch bereits einem Kollegen von ihm passiert ist, der in der selben Situation nach Jahren an den deutschen Fiskus eine Steuernachzahlung leisten musste. Ich hatte diesbzgl. meine Bedenken bereits geäussert, weil ich mir nicht vorstellen kann, dass ein Lohn 2x versteuert werden darf (wobei man dazu sagen muss, dass ich mich da so genau auch nicht auskenne).
Wie sieht die Rechtslage aus?

Im DBA (Doppelbesteuertungsabkommen) zwischen Deutschland und Österreich ist in Artikel 23 geregelt, wie die Besteuerung zu handhaben ist.
Ist man in Deutschland ansässig, so wird in Österreich erzieltes Einkommen von der Bemessungsgrundlage der deutschen Steuer ausgenommen.
Allerdings gibt es ein paar Haken, so dass sich ein Gang zum Steuerberater lohnt.

Die Lohnsteuer muss in dem Land abgeführt werden, in dem der Lohn ausbezahlt wurde. Das ist unabhängig davon, ob einem der Job in ein anderes Land führt oder ob man den Wohnsitz in einem anderen Land hat.

Wo er gefahren ist, ist unerheblich!
Ausschlaggebend ist das Land in dem der Arbeitgeber seinen Sitz hat. (hier Österreich)
Nach den dortigen Bestimmungen muss er Lohnsteuer und Sozialabgaben von seinem Lohn abführen.
Da wären ja Fernfahrer die teilweise quer durch Europa fahren sonst die ärmsten Schweine. ;-)

Wenn mich nicht alles täuscht (so wie Dein verwirrender, ellenlanger Text), dann führt Dein Freund bereits jetzt nur dorthin Einkommenssteuer ab, wo das ihn beschäftigende Unternehmen seinen Geschäftssitz hat.