Also mehrere Gigabyte Daten von A nach B oder umgekehrt. Kann das Probleme verursachen in punkto interner Datenstruktur (Defragmentierung)?
Ja, Du kannst die Dateien gefahrlos verschieben.
Wenn Du beim hin-und-her Verschieben sonst gar nichts am Computer tust, könnte sogar einen Defragmentierungs-Effekt eintretten.
Das macht man sogar so um seine Daten zu defragmentieren!!!

Ja, dazu ist die Festplatte doch da. Denk aber daran, dass es nur ein Kopieren (oder Ausschneiden) ist; du schaffst dir damit keine keine System-Festplatte, das heißt, du kannst sie dann nicht als neues Startlaufwerk C benutzen. Wenn du von einer anderen Festplatte (z. B. von D) "ausschneidest", solltest du sichergestellt haben, dass keine Programm-Anteile dabei sind, auf die Programme von C normalerweise zugreifen (z. B. dlls).

Das geht einwandfrei. Die externe Festplatte sollte als NTFS formattiert sein. Bei FAT32 ist die maximale Partitionsgrösse 2Gb.