... die nicht im normalen Windows-Verzeichnis unter dem Laufwerksbuchstaben C: auftauchen? Zum Beispiel ein Verschlüsselungsprogramm.

Nimm Truecrypt portable, das wird nicht installiert. http://stadt-bremerhaven.de/2008/03/17/portable-truecrypt-51a/

Programme müssen nicht zwingend im Windowsordner gespeichert werden...
Ich denke mal du redest von einer Virtuellen Maschine, also einer komplett abgeriegelten Arbeitsumgebung: Dann ja, einfach CD ins laufwerk -bzw. programm runterladen- und installieren.
Ja genau. Ich denke an VMware. Ich habe gelesen, dass man sich zuerst ein Image des bestehenden PCs erstellen kann und dieses Image würde ich gerne auf einer verschlüsselten externen Festplatte lagern. Also im Klartext: PC starten, externe Festplatte entschlüsseln, ein auf dem normalen PC unsichtbares Programm auf der externenen Platte starten. Funktioniert das so?
Ist TrueCrypt portable denn nicht nur ein externer Datencontainer? Zum Beispiel um Dateien verschlüsselt auf einer extrenen Festplatte zu bunkern.
Na du suchst doch ein Verschlüsselungsprogramm. Diese Programme arbeiten alle nach fast der selben Methode.