Ist es ungesund, wenn man dauerhaft mit dem System der Trennkost leben will? Ist das nur was für kurzfristige Diäten, oder schadet es nicht?

Nööö, ist es nicht. Du nimmst ja alles zu dir, was der Körper braucht. Halt nur zu unterschiedlichen Zeiten. Ist vollkommen OK.
Nein - diese Ernährungform ist auf Dauer absolut empfehlenswert, da damit automatisch die sogenannten Sättigungsbeilagen reduziert werden, die einen Großteil unserer Zivilisationskrankheiten begünstigen.
Welche Sättigungsbeilagen?
als Sättigungsbeilagen gelten kohlenhydratreiche (zucker- und stärkehaltige) Nahrungsmittel wie: Brot, Nudeln, Reis und Kartoffeln. Empfehlenswert ist dazu folgendes Buch: https://www.amazon.de/dp/3887601009?tag=aromaolmass06-21&camp=1410&creative=6378&linkCode=as1&creativeASIN=3887601009&adid=0NF0CC8MC7KJ4920EHMF&
Trennkost ist eine von William Howard Hay entwickelte Ernährungsform, bei der hauptsächlich eiweißhaltige und kohlenhydrathaltige Lebensmittel nicht gleichzeitig bei einer Mahlzeit gegessen werden. Es handelt sich um eine Diät, die von vielen als Methode zur Gewichtsreduktion angesehen wird. Nach der "Trennkostlehre" darf generell fast alles gegessen werden, nur wenige Lebensmittel werden ausgenommen, z.B. Hülsenfrüchte. Es werden weder Mengen noch Kalorien gezählt. Die der Trennkost zugrunde liegenden Theorien sind medizinisch aber mittlerweile widerlegt. (Wikipedia)
Am besten schaust du selbst nach und bildest dir dein eigenes Urteil.
Nein, denn Du isst ja alle Nährstoffe nur eben zeitlich versetzt, bzw. nicht zusammen. Allerdings ist es auf Dauer schwierig das durchzuhalten.
Wenn du es immer machts, ist es ja auch eine Ernährungsumstellung und es ist gesund, da alles abgedeckt ist. Wenn man es allerdings als Diät machen würde, würde ich davon abraten, aber das hast du ja nicht vor, ist schon o.k. so.

Trennkost ist auch auf Dauer nicht ungesund, denn Obst und Gemüse sind wichtiger Bestandteil. Um mit Trennkost abzunehmen, muss dennoch auf eine reduzierte Kalorienzufuhr geachtet werden: http://www.abnehmen.net/diaeten/diaet-kategorien/diaetbuecher-/-konzepte/haysche-trennkost-diaet
Trennkost nimmt man doch zu sich, weil der Körper bestimmte Nährstoffe vorrangig abbaut und man so die Verdauung fördert! Warum sollte das nur kurzzeitig Gesund sein??? Solange du keine Nährstoffe ausslässt, ist das doch das Beste was man tun kann!

Trennkost sagt Dir doch nur, wie Du Dich zu ernaehren hast. Bei der Trennkost sollst Du ausgeglichen essen und auf nichts verzichten.