Ich möchte mir einen CarPC bauen, d.h. einen Computer der im Auto verbaut ist und mir Navigation, MP3 etc. zur Verfügung stellt. Weiß jemand in welcher Stellung ich die Festplatte am besten einbaue, damit sie gegen Schläge vom Fahrwerk am besten geschützt ist, bzw diese am schonensten aufnimmt?

Ich bin da nicht so negativ gegenüber deinem Vorhaben eingestellt; ein Laptop im Betrieb auf dem Beifahrersitz arbeitet schließlich auch problemlos. Montier die Festplatte im gefederten und gedämpften Fahrzeug-Inneren in Fahrtrichtung; so nimmt sie am besten die geringen Brems- und Beschleunigungskräfte auf. Die Seitenkräfte bei Kurvenfahrten sind erheblich niedriger. Sehr harte Schläge ins Fahrwerk werden eh von den serienmässigen Stoßdämpfern aufgenommen; trotzdem solltest du auch die Platte (wenn möglich) zusätzlich gedämpft im PC-Gehäuse aufhängen (nicht gefedert, sonst "schwingt sich tot").
Vermutlich lohnt es sich eine 2,5 Zoll Festplatte für Laptops zu nehmen, denn diese sind doch von der geplanten Verwendung mehr Erschütterungen ausgesetzt als die typischen (auch starkem Preiskampf unterworfenen) 3,5 Zoll Platten.
Da starke Schläge in der Regel nur vertikal (Schlagloch...) zu erwarten sind (es sei denn bei Unfällen, seitlichen Remplern) und es für Festplatten vor Allem gefährlich wird, wenn der Kopf auf die Plate aufsetzt würde ich die Festplatte hochkant in der Mitte des Fahrzeugs positionieren.
Nochwas: Bei Laptops (z.B. IBM/Lenovo) gibt es Erschütterungssensoren, die die Platte kurzzeitig abschalten, vielleicht gibt es diese Technologie irgendwo zu erwerben...?
Ansonsten könntest Du bei wenig Speicherbedarf mit CompactFlash (CF) Karten statt Festplatten arbeiten, die gibt es z.Zt. bis 16GB und es gibt kleine Converter, die CF auf z.B. IDE umsetzten, damit sie als Platte für ein Mainboard ansprechbar sind.

Risiko,
eine Festplatte ist nicht dafür konstruiert, typische Fahrbewegungen und Erschütterungen, die während einer Autofahrt auftreten, zu verkraften. Das hält keine Festplatte lange aus.
Etwas anderes wäre es, wenn dein CarPC während der Fahrt ausgeschaltet ist und nur bei Stillstand des Fahrzeugs benutzt würde.

Die beiden Hauptrichtungen sind horizontal und vertikal. Aber Du solltest sie gar nicht einbauen. Auch nicht mit Gummipuffern und in zusätzlichem Gehäuse. Warte mal 2 Jahre, dann sind die 'Festplatten' ohne bewegliche Teile bezahlbar. Solange würde ich von Permanentspeicher booten. (Speicherstick etc.)