Hi In Deinem Benutzerordner gibt es im Unterordner Anwendungsdaten/Mozilla/Firefox/profiles/xydefault
einen Ordner Namens "Bookmarkbackups". Dort die aktuellste Datei "Lesezeichen-Datum-.json" kopieren und in den Ordner eine Ebene höher einfügen. Anschließend umbenennen in bookmarks.html Fertig.
hast du vorher den FF2 von Hand deinstalliert und alles bestätigt, was gefragt wurde?
Der normale Weg wäre, dass der FF3 sich bei einer normalen Installation über den FF2 drüberinstalliert und dass versucht wird, alle Plugins und Addons und Skins weiterzunutzen. Die Favoriten allerdings, die werden bei dieser Methode immer mitgenommen.
Schau nach ob Firefox v3 die v2 überschrieben hat. Sollte die v2 noch vorhanden sein, kann man die Lesezeichen noch retten.

normalerweise hätte dich firefox bei der neuinstallation fragen müssen, ob er die alten lesezeichen importieren soll.

Hast du es schon mal unter Hilfe bei Firefox versucht?
Bei mir ist es übrigens ohne Probleme gegangen.