Ok, so dramatisch ist es nicht, aber:
wenn ich den Auslieferungszustand auf meinem Computer herstellen will, (der Rechner läüft nicht mehr richtig) also Windows und sonst nichts, sind ja alle die eigenen zusätzlichen Programme weg.
Kann ich diese auf ein anderes Laufwerk verschieben und nachher wieder rüberholen und installieren, oder geht das nicht? Kann ich sie z. B. zur Sicherung brennen, und wenn ja, nur die exe.Datei reicht oft nicht, weil sie dann nur vo dort gestartet wird, wie heisst die Datei, mit der man das ganze Programm installiert?

Nein. Das geht nicht. Die Installation eines Programmes unter Windows hat drei Aufgaben: Einmal müssen die benötigten Dateien in irgendwelche Verzeichnise kopiert werden. Zum Zweiten bringt das Programm noch DLLs mit. Das sind von allen Programmen gemeinsam genutzte Programmbibliotheken (also Programmschnipsel, die jedes Programm brauchen kann und auch aufruft). Solche DLLs können im Windowssystem Verzeichnis auftauchen, oder sonstwo. Das wird dir also beim einfachen Kopieren schon fehlen. Zum Dritten schreibt dann das Setup Programm auch noch in die Windows Registry (das sind eigentlich auch nur drei Dateien...) um Windows bestimmte Dinge mitzuteilen, damit Windows mit dem Programm auch richtig umgehen kann. Auch das wird beim einfachen Kopieren immer fehlen. Es geht schlicht nicht. Systemimmmanent. Aber es gibt sehr viele Programme, die dir dieses "kopieren" ermöglichen. Ich schätze dennoch, dass du, wenn du diese Programme alle kennst, dieses Problem nicht mehr haben wirst.

Um Programme vollständig zu installieren, gibt es eine "Installer"- oder "Setup"-Datei (EXE-Format).
..auch msi zB. Enthält jedoch auch nicht immer alle Dateien, sondern greift auch mal auf externe Cab Dateien zu..als Beispiel mal..

Nein, die Programme werden durch die Installation in die Registry eingetragen. Fehlt der Eintrag, läuft das Programm nicht. Für die Zukunft kannst du nur hingehen und direkt nach der Neuinstallation und der Installation der wichtigsten Programme die Festplatte spiegeln. Geht gut mit Acronis oder Ghost. Dann kannst du so den Ursprungszustand wieder herstellen ohne den anderen Datenmüll.
LG
Wieselchen