Das kommt auf den Shop an, was der alles können soll, und wieviel Programmierkentnisse du hast. So pauschal wird man das nicht beantworten können.

os-commerce und die Derivate davon sind verbreitet, teilweise kostenpflichtig, teilweise umsonst.

xt-commerce und ecombase sind Suchworte bei Google

Im Moment liegt Magento im Trend. Bietet alles was ein Shop braucht und auch nette Ajax-Effekte (wer's braucht, aber die Kunden steh'n drauf): http://www.magentocommerce.com/de/
Ich hoffe, ich konnte helfen.

Wenn es ein komplettes CMS sein soll, währe Joomla in Verbindung mit Virtuemart geeignet, da der Shop nahtlos in das CMS integriert ist. Wenn der Schwerpunkt jedoch eigentlich auf einem Shop liegen soll, gibt es viele Möglichkeiten. Magento ist jedoch eine Kostenpflichtige, wobei es viel andere Shopsysteme gibt, die sogar noch mehr bieten und kostenlos sind! OsCommerce ist ok, jedoch nicht so umfangreich wie manch anderes System! Ich denke um das beste für Sie passende System zu finden sollten Sie sich vernünftig beraten lassen.