Das styling ist immer im template. in meisten fall in der index.php in deinem template heimat verzeichnis und doch es ist eine php datei. das styling wird dann in einer css datei gemacht
<div id="header">
<div id="headerLeft"><jdoc:include type="modules" name="headerLeft" style="xhtml" /></div>
<div id="headerRight"><jdoc:include type="modules" name="headerRight" style="xhtml" /></div>
</div>
<div id="contentNavigation"><jdoc:include type="modules" name="contentNavigation" style="xhtml" /></div>
so sieht das ganze zum beispiel mit navi aus. durch die divs kannst du dann die position einstellen, wo der header auf der seite sein soll.
also kurz gesagt: alles was das styling (template) angeht spielt sich auch im verzeichnis template, in deinem verwendetem template ab.
ja aber ich versteh denn zusammenhang nicht :D