Hallo Jonathan!
M. E. gehört die Frage eher zum Baurecht und nicht ins Verwaltungsrecht. Der Naturschutz ist mit dem Baurecht gekoppelt. Es gibt kaum Bauanträge ohne Stellungnahme der Naturschutzbehörde dazu. Die Vorschriften finden Sie unter BauGB und NaturSchG. Das Verwaltungsrecht dagegen beschäftigt sich eher mit der ordnungsgemäßen Verfahrensabwicklung von Verwaltungsakten (Prozessen). Mein Gastspiel bei der Bauaufsicht ist schon einige Jahre her, so dass sich hier auch viele Änderungen ergeben haben dürften. Insbesondere EU-Richtlinien können dazu beigetragen haben. Sollte das so sein und Auflagen verschärft werden, wären Sie von Ihrer Anwältin gut beraten, Ihre Bauanträge noch vor Inkrafttreten der neuen Regelungen zu stellen, weil Sie dann davon ausgehen können, dass noch nach den alten Vorschriften eine Entscheidung gefällt wird. Aus meiner Zeit bei der Bauaufsicht ist mir noch bekannt, dass es von demselben Antragsteller drei oder vier gleichzeitige Bauvoranfragen zu demselben Objekt (Grundstück) gab. Ob diese auch dasselbe Vorhaben betraf, weiss ich leider nicht mehr. An Ihrer Stelle würde ich zunächst zu klären versuchen, ob die Bäume vom Naturschutzgesetz berührt sind oder nicht. Stellen Sie dazu eine Anfrage an die Naturschutzbehörde, bei der Sie die Bäume genau bezeichnen. Da die Zeit aufgrund der neuen Richtlinien drängen könnte, würde ich auf eine Voranfrage verzichten (sie ist nicht generell rechtsverbindlich) und einen fristgerechten Antrag stellen. Der Antrag muss nicht vollständig sein. Sie können bei Antragstellung angeben, dass noch fehlende Unterlagen unverzüglich nachgereicht werden. Viel Glück! Gruß Navvie